Монастырь расположен в живописном месте на высоком берегу реки Рутка. Со всех сторон его окружает лес. Вокруг торфяные болота, из-за которых вода в реке красноватого цвета. Придя в эти места, монахи первым делом поставили небольшую домовую церковь. Это большая изба с единственной маковкой на крыше. Новая деревянная церковь, построенная недавно, увенчана 8-ю куполами.
Вообще здесь все постройки выполнены из дерева. Глядишь на них, и кажется, будто перенесся во времена средневековой Руси. При монастыре имеется питомник, где выращивают редкие в марийских краях растения. Затруднительно всех их перечислить: есть среди них саженцы хвойных пород - голубой и канадской ели, кедра, туи, а розы здесь цветут даже осенью. Когда растения подрастут и окрепнут, их высадят на территории монастыря. Монахов в пустыни вместе с архимандритом меньше 20-ти человек. Бодрствуют они с 2-х часов ночи до 11-ти часов вечера. Таким образом, спят они всего три часа, редко когда больше. Будь то день или ночь, монахи молятся и работают. На каждого возложено определенное "послушание", то есть у каждого - свои обязанности.
Кто-то прибирает территорию, кто-то готовит еду, кто-то занят на строительных работах. Монахи пустыни занимаются активной переводческой деятельностью. Некоторые имеют высшее образование, жили какое-то время в Греции и в совершенстве владеют греческим языком. Они переводят на русский греческие книги. Один из таких переводов получил весьма положительный отзыв в российской академии наук. Иноки переводят тексты и с церковнославянского языка на русский, и с русского на греческий. Приезжали в пустынь греческие монахи, прожили здесь несколько дней и попросили сделать перевод ряда книг с русского языка на греческий. В числе этих книг "Житие преподобного Сергия Радонежского". Все это означает, что в Килемарском районе появился не только духовный центр православной жизни, связывающий культуры двух близких по вероисповеданию стран, но и серьезный центр переводческой деятельности. Как знать, быть может, в будущем семена культуры, посеянные здесь, дадут богатые и обильные всходы, и о Богородице-Сергиевой пустыни будут говорить как об одной из святынь православия и культуры, составляющих гордость республики.
А в августе 1998 года в жизни Марийской епархии произошло важное событие – впервые с 1928 года состоялся крестный ход. Из Вознесенского собора г. Йошкар-Олы во вновь отстроенную обитель была принесена уцелевшая после разорения Царевококшайского Богородице-Сергиевского женского монастыря чудотворная икона Явления Пресвятой Богородицы преподобному Сергию Радонежскому, ставшая главной святыней монастыря.
В обители хранятся чудотворные образы Владимирской Божией Матери, Усекновения главы Иоанна Предтечи, Иверской иконы Божией Матери (написана на Афоне в 1905 году). В 2003 году в обитель были привезены мощи святителя Нектария Эгинского. Промыслом Божиим в Пустынь притекают многие святыни, в том числе - частица мощей Преподобного Сергия и более 100 частиц мощей из многих святых мест мира, поклониться которым приезжают паломники из разных концов Республики и других областей России.
За минувшие годы монастырь расстроился. Богослужения совершаются в церкви явления Божией Матери преподобному Сергию Радонежскому, построенной в традициях русского деревянного зодчества. Особенностью пустыни является то, что все постройки — храмы, жилые и хозяйственные помещения — деревянные. Кроме того ведется строительство трапезного корпуса, хозяйственного двора, изгороди обители со святыми вратами и угловыми башнями, игуменского корпуса с домовым храмом в честь усекновения главы Иоанна Предтечи. Большое внимание уделяется благоукрашению монастырской территории, разбиты цветники, высажены деревья редких хвойных пород.
Важное место среди послушания братии занимала издательская деятельность. Монастырь продолжает древнюю традицию, следуя которой, святые обители Руси служили центрами просвещения. В пустыни не только готовят книги к печати, но и выполняют оригинальные переводы с греческого современных афонских подвижников.
См. также: Введенский Вершино-Сумский монастырь Козьмодемьянский Свято-Троицкий монастырь
