В 1885 году в Серафимо-Дивеевском монастыре построили игуменский, или как его называли — начальнический, корпус. Он поставлен на том месте, где рисовал его на плане сам преподобный Серафим Саровский. В корпусе находились архиерейские покои, кельи игумении, казначеи, благочинной, канцелярии, библиотека и комнаты для производства искусственных цветов.
В 1902 году для болевшей игумении Марии (Ушаковой) в восточной части начальнического корпуса была устроена домовая церковь, вмещавшая не более 50 человек. Храм освятили в честь небесной покровительницы игумении Марии — святой равноапостольной Марии Магдалины.
В 1903 году в этом храме на литургии присутствовали Государь Император Николай II, Государыня Императрица и особы Царствующего дома, посетившие Дивеевский монастырь после торжественного прославления Серафима. Посещение Серафимо-Дивеевской обители последними из рода Романовых воспринимается как исключительно важное событие в истории монастыря. В память о нем в иконостасе помещена икона Царственных мучеников.
После закрытия монастыря церковь была разорена. В игуменском корпусе сначала разместили Дивеевский детский дом, а позже здесь были учреждения и квартиры.
Летом 1996 года отремонтировали фасад корпуса, и над церковью вновь устроили купол. 27 сентября 1996 года, в праздник Воздвижения Креста Господня, на купол был водружен крест. С 1997 года ведутся восстановительные работы внутри церкви. Храм повторно освящен 3 февраля 2006 года.
