Освоение Соловецких островов началось в глубокой древности – здесь стали появляться древние обитатели Поморья – протосаамы. Летом они промышляли морским зверем (тюлень и белуа), ловили рыбу. Во 1-ом тысячелетии до н.э. протосаамы хоронили на Соловках умерших соплеменников, складывая над останками валунные насыпи – курганы. В средние века архипелаг превратился в место совершения языческих обрядов, здесь были культовые сооружения лопарей (саамов) – курганы, лабиринты и разнообразные символические выкладки из небольших валунов.
Возможно, лопари совершали на островах свои языческие обряды, когда в начале XV столетия на Соловках появились первые иноки. Труды соловецких монахов превратили языческий край в средоточие Православия на русском севере.
Основанный в 1436 году на далеких «краесветных» островах Белого моря, Соловецкий монастырь, со временем стал одним из самых известных и почитаемых в России. В монастырских святцах более 50 имен подвижников благочестия, совершавших свой духовный подвиг. Глубоко почитаемы имена основателей монастыря преподобных Зосимы, Савватия и Германа, Анзерских чудотворцев Елеазара и Иова, а также святителя Филиппа, митрополита Московского и всея Руси, который, почти 30 лет прожил в Соловецком монастыре – 18 из них в качестве настоятеля, много сделал для его укрепления и процветания. Став митрополитом, святитель Филипп смело выступил против злодеяний опричнины и принял мученическую кончину. Из соловецких пострижеников вышли два патриарха – Иоасаф I (1634–1641 гг.) и Никон (1652–1658 гг.), шесть митрополитов, несколько архиепископов и епископов, множество подвижников, прославившихся святостью и чудотворениями, а также видные исторические деятели Авраамий (Палицын), Александр (Булатников) и др.
Монастырь много сделал для просвещения язычников на далеких окраинах России. Одним из самых первых выдающихся подвижников Крайнего Севера был блаженный Феодорит Кольский. Соловецкий постриженик архимандрит Феодорит за свою долгую 90-летнюю жизнь просветил евангельским словом и привел к христианству тысячи лопарей (саамов). Большой заслугой Соловецкого монастыря было распространение в Поморье грамотности и ремесленных знаний.
Одним из самых трагических периодов монастырской истории по праву считается время Соловецкого сидения (1668–1676 гг.). Бунт братии, несогласной с церковными реформами патриарха Никона, вылился в противостояние царскому войску. Соловецкое восстание, подавленное воеводой И. А. Мещериновым, который вел осаду по всем правилам войны, привело к значительным человеческим жертвам с обеих сторон, а также ослабило духовные традиции и экономическое положение островного монастыря.
С Соловецким монастырем связано основание, возобновление и существование семи северных монастырей, в его 
ведении находились до 30 приходских церквей. Тысячи богомольцев ежегодно приезжали в монастырь и получали здесь духовную помощь. В 1765 году монастырь стал ставропигиальным, то есть перешел в непосредственное подчинение Святейшего Синода.
Монастырь был не только духовным, но и крупнейшим культурным центром. Он обладал одной из лучших в те времена библиотек, где хранились, переписывались и создавались новые произведения. Здесь трудились такие выдающиеся писатели-книжники, постриженики Соловецкого монастыря, как игумен Досифей, инициатор составления в начале XVI века жития преподобных Зосимы и Савватия, священноинок Сергий (Шелонин), живший в монастыре в 1619-1664 годах (исследованием его трудов ученые занимаются уже более 100 лет), инок Епифаний и др. Книжный знак соловецкой библиотеки считается первым экслибрисом в России. Монастырская ризница была хранилищем богатейшего собрания древних икон, облачений, богослужебных сосудов, предметов древнерусского искусства. Многие из них свидетельствуют о теснейших связях монастыря с царским домом и российскими патриархами, виднейшими деятелями русской истории. Тысячи ценнейших икон находились в храмах монастыря.
Бесценны для науки документы монастырского архива. В оружейной палате монастыря хранилось интереснейшее собрание древнего оружия. Постройки монастыря вошли в сокровищницу мировой архитектуры и представляют собой чудеса строительного дела.
Соловецкий монастырь совмещал свой монашеский подвиг с гражданским долгом: начиная с конца ХVI века, он становится защитником северных рубежей России.
Многие его настоятели не только исполняли свое непосредственное послушание, но и проявили себя как искусные политики и государственные деятели. При настоятеле игумене Иакове (1581–1597 гг.), ученике святителя Филиппа, была построена каменная крепость, укреплен Сумский острог. Игумен Антоний (1605–1614 гг.) в Смутное время показал себя истинным патриотом и стойким борцом за интересы России, «его благоразумием была спасена обитель Соловецкая, а с ней и все Поморье, от шведов». Известна переписка игумена Антония со шведским королем Карлом IХ, в которой он последовательно отстаивал интересы государства. Много сделал для защиты Беломорья от врагов игумен Иринарх (1614–1626 гг.). Близкое соседство и частые военные столкновения, в которых соловецкие стрельцы и поморские крестьяне одерживали победы, внушали шведам уважение к монастырю.
В 1854 году во время Крымской войны, когда английские суда в течение девяти часов обстреливали монастырь, братия и все жившие в монастыре под руководством настоятеля, архимандрита Александра (Павловича), проявив величайшее мужество и героизм, отстояли обитель.
Соловецкий монастырь был и важным экономическим центром, его вотчины в XVI-ХVIII веках, не ограничиваясь Поморьем, простирались до Онежского озера. В вотчинах монастырь вываривал соль, являясь ее крупнейшим поставщиком на внутреннем рынке, а также добывал слюду, жемчуг, железную руду, ловил морского зверя и рыбу. По словам историка В. О. Ключевского, вместе с монастырем «возник центр и двигатель разнообразной деятельности в окружающем его Беломорском крае».
После секуляризации монастырских земель в 1764 году монастырь начал более интенсивно развивать монастырское хозяйство на островах, где находилось до 40 различных производств. В результате разумного хозяйствования и природопользования острова Соловецкого архипелага достигли весьма высокой степени благоустройства. К началу ХХ века у монастыря было 10 скитов и пустыней, 17 храмов (31 престол), около 30 часовен. До самого своего закрытия в 1920 году Соловецкий монастырь был одним из самых почитаемых в России.
Советский период
В 1920 году монастырь был окончательно ликвидирован: приказ о ликвидации отдал М. С. Кедров. Культурные ценности монастыря и большие запасы продовольствия были реквизированы.
В 1920 году на территории монастыря располагается лагерь принудительных работ, который вместе с конвоем насчитывал 350 человек. В 1923 был учреждён Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН), преобразованный позднее в 1937 году в 
Соловецкую тюрьму особого назначения — СТОН, расформированную в 1939 году. Значительную часть заключённых составляли духовенство, офицеры белого движения, эсеры, интеллигенция.
С 1942 года по октябрь 1945 года в монастыре в течение 3 лет базировалась часть Соловецкой школы юнг, при учебном отряде Северного Флота, готовившихся к боевым действиям, открыта 25 мая 1942 года по приказу наркома ВМФ СССР Кузнецова Н. Г..
В 1967 году создан Соловецкий музей-заповедник, реорганизованный в 1974 году в Соловецкий государственный историко-архитектурный и природный музей-заповедник, продолжающий существовать и по возобновлении монашеской общины.
В декабре 1988 года был создан церковный приход, куда был назначен иеромонах Герман (Чеботарь). 4 июля 1989 года он освятил находящуюся за монастырской оградой часовню святителя Филиппа — первый возрожденный храм Соловков.
Возобновление монашеской жизни
25 октября 1990 года Священный Синод благословил открытие Спасо-Преображенского ставропигиального мужского монастыря. Исполняющим обязанности наместника был назначен игумен Герман (Чеботарь). Осенью того же года появились первые послушники.
Указом от 9 февраля 1992 года наместником монастыря был назначен игумен (ныне архимандрит) Иосиф (Братищев).
19—21 августа 1992 года мощи преподобных Зосимы, Савватия и Германа, соловецких чудотворцев, были перенесены из 
Петербурга в обитель. Торжества возглавлял Патриарх Алексий II. День 22 августа стал праздноваться как Собор Соловецких святых.
22 августа 1992 года Патриарх освятил надвратную церковь Благовещения Пресвятой Богородицы, где были поставлены мощи Соловецких чудотворцев. По благословению Патриарха Алексия II, с 1993 года установлено празднование Второго перенесения святых мощей преподобных Зосимы, Савватия и Германа 8(21) августа, а на следующий день, 9(22) августа, совершается память собора Соловецких святых.
В ноябре 2007 года министр культуры М. Швыдкой заявил о принятии решения о полном выводе музея из стен монастыря. После его отставки с поста министра культуры речь о выводе музея из стен монастыря больше не заходила.
