В 1853 году началась Крымская война, недостаток средств не позволил накануне войны профинансировать в полном объеме работы по укреплению Керченского полуострова. Все проведенные к 1855 году мероприятия были нацелены на то, чтобы укрепить Керчь со стороны моря. Окончание Крымской войны ознаменовалось для России подписанием в 1856 году позорного Парижского договора, согласно которому Чёрное море объявлялось нейтральным, а Россия не могла иметь здесь флот, арсеналы и военные порты. Это заставило рассмотреть вопрос об укреплении берегов Чёрного и Азовского морей и, в частности, Керченского пролива. Имевшиеся здесь до начала Крымской войны укрепления устарели и уже не соответствовали современным требованиям.
Поэтому в том же 1856 году были проведены исследования местных условий и съемка берегов Керченского пролива, после чего было начато проектирование крепости возле Керчи для обороны входа в Азовское море, что формально не противоречило статьям Парижского договора. Этими работами непосредственно руководил начальник штаба генерал-инспектора по инженерной части инженер генерал-майор Константин Петрович Кауфман I, который в 1857 году был направлен на юг России с задачей усиления обороны Керченского пролива и Днепро-Бугского лимана. Большое внимание этим вопросам уделял также и ставший в 1859 году директором инженерного департамента военного министерства Эдуард Иванович Тотлебен, герой обороны и создатель укреплений Севастополя.
Приморские батареи были расположены так, что могли сосредоточенным огнем обстреливать суда, входящие в Азовское море по суженному проливу; кроме того, фарватер предполагалось оборонять подводным минным заграждением. Крепость создавалась как артиллерийская. Проектировалось разместить на огневых позициях 587 орудий. Гарнизон крепости должен был составлять 5235 человек, в т.ч. 1860 артиллеристов. До минимума было сокращено количество наземных построек. Все жилые и не жилые помещения были казематированы за исключением домов офицерского состава, защищенных валами. Жилые помещения – казармы соединены с огневыми позициями подземными ходами — потернами, которых в крепости — километры.
В ноябре 1941 года, после захвата Керчи немецкими войсками, в крепости ещё неделю продолжались бои. Защищали её небольшой гарнизон складов и остатки подразделений 51 Армии. Керчь, 15 мая 1942 года, вновь была захвачена немцами. Бои в крепости продолжались до 19 мая, все это время она подвергалась жесточайшей бомбардировке и артобстрелу. В ночь на 20 мая, при отходе советских войск, склады с боеприпасами в крепости были подорваны. В 80-е годы ХХ в., при проведении земляных работ в районе главных ворот были обнаружены останки 7 -ми неизвестных советских солдат — защитников крепости мая 1942 года. Они были с почестями похоронены на воинском кладбище.
Крепость Керчь — настоящий шедевр фортификационного искусства. За свою более чем полуторавековую историю керченская крепость повидала множество событий и сыграла не последнюю роль в истории нашей страны. Сохранившиеся на территории крепости постройки представляют огромную культурно-историческую ценность. Сегодня крепость Керчь открыта для туристов, и любой желающий может прийти сюда, чтобы побродить по поросшим степной травой склонам и мысленно вернуться на полтора века назад. В советские времена на территории крепости располагались воинские склады с имуществом и боеприпасами Черноморского флота. Здесь же располагался дисциплинарный батальон ЧФ. После распада СССР началось сокращение воинских частей и в 2003 году территория крепости была передана Керченскому государственному историко-культурному заповеднику.
