Святые мощи первоначальников Соловецких, преподобных Зосимы и Савватия, ко времени церковного прославления угодников Божиих на Московском соборе 1547 года находились в монастыре.
В Соловецкую обитель в 1465 году, при игумене Зосиме, были перенесены из селения Сорока мощи преподобного Савватия. Мощи были положены за алтарем храма Успения Пресвятой Богородицы.
Преподобный Зосима, почивший в 1478 году, был похоронен за алтарем деревянного Спасо-Преображенского собора.
8 / 21 августа 1566 года святые мощи преподобных Зосимы и Савватия были перенесены во вновь построенный каменный Спасо-Преображенский собор и поставлены в приделе, освященном в их честь.
Мощи преподобного Германа были перенесены в обитель в 1484 году из веси Ховроньиной на Свири и положены рядом с мощами преподобного Савватия.
Церковное почитание преподобного Германа установлено в 1692 году.
Святые мощи угодника Божия Германа с 1860 года почивали под спудом в церкви, освященной во имя его.
В 1862 году, по завершении строительства Свято-Троицкого собора, святые мощи преподобных Зосимы и Савватия были 
поставлены в серебряных раках в Зосимо-Савватиевском приделе и находились там до закрытия монастыря в 1920 году.
В 1925 году мощи святых были вскрыты, но до 1939 года оставались на территории монастыря и помещались в антирелигиозном музее. После закрытия на Соловках лагеря и тюрьмы мощи основателей обители были вывезены на материк и переданы на хранение в центральный антирелигиозный музей в Москве, а затем в ленинградский Музей истории религии и атеизма.
С 1989 г. в Государственном музее истории религии ведется отбор и передача предметов богослужебного назначения по просьбам различных религиозных объединений и общин. К настоящему, прежде всего во вновь открытые храмы и монастыри Санкт-Петербургской епархии, музеем передано более 3000 икон и богослужебных предметов.
