В 1670 году – была построена надвратная церковь Михаила Архангела над Святыми воротами и кельи. Изначально церковь имела одну главу и ряды кокошников, но в 1670 году её заменили более сложным пятиглавым завершением. В советское время была почти разрушена. В этой церкви, в особом киоте находится образ преподобного Макария (написан знаменитым изографом Симоном Ушаковым). Немного ранее, в 1662-1667 годы были возведены девять башен и стены монастыря. Ширина стен составляет 2,5 м, а высота с зубцами 8 метров. В четырех углах монастыря были построены круглые башни. А посередине между круглыми башнями, в стенах были еще и квадратные башни с воротами. Со стороны Волги главный вход – Святые ворота с надвратной церковью Михаила Архангела. Кроме этого со стороны берега монастырь с трех сторон защищала цепь стен и башен, а перед Святыми воротами было построено предмостное укрепление. Цепь стен и башен а также предмостное укрепление в XIX веке были размыты водами Волги. В XIX веке башни южной стороны монастыря переоборудовали: одну башню (находящуюся восточнее Святых Ворот монастыря) превратили в кельи. А во второй башне было решено устроить церковь во имя преподобного Григория Пельшемского. Но из-за неправильных расчетов башню едва не разрушили. Но в конце XVIII века (1780-е гг.) удалось отстроить и башню и церковь.
