Озеро Малый Мартын расположено в 2,5 км к западу от озера Большой Мартын. Форма озера несколько вытянутая. С юга, востока и запада озеро окружается песчаным невысоким увалом, спускающимся в речную долину очень пологими и короткими склонами. Северный и северо-западный берега топкие, поросшие мхом.
Озеро окружено сосновым бором. Дно озера представляет из себя довольно ровную котловину. В прибрежной зоне дно покрыто густым илом темно-зеленовато-бурого цвета. С северо-запада в озеро впадает небольшая речка Малая Мартынка. Стока нет. Цвет воды зеленовато-бурый: имеет заметные признаки заболачивания. Прибрежная растительность занимает полосу от 6 до 12 метров.
См. также: Малый Марьер Мушан-Ер Нужъяр Окунево
