Военно-морской музейный комплекс "Балаклава" создан в 2002 году на базе штолен подземного завода по ремонту и обслуживанию подводных лодок. Военно-морской базой Черноморского флота Балаклавская бухта стала ещё в довоенное время - здесь располагалась 155-я бригада подводных лодок. В 1955 году началось масштабное строительство подземного объекта первой категории противоатомной устойчивости. Комплекс площадью 10 кв. км вырублен в горе, возвышающейся на 120 метров над западным берегом бухты. Состоит из ремонтной части и ядерного арсенала.
Комбинированный канал глубиной 8 метров, проходящий насквозь через гору, позволял размещать 7 подводных лодок. К концу XX в. завод потерял значение как военный объект в связи с перевооружением флота.
После распада СССР всё ценное оборудование было вывезено, остальное разграблено. На базе сохранившихся подземных сооружений организованы экспозиции об истории Военно-морского флота, о подводных силах Черноморского флота бывшего СССР, о военных и политических аспектах Холодной войны. К осмотру открыты зоны вдоль подземного канала, бывшие цеха завода и арсенал, где хранились торпеды и ядерные боеголовки. Представлены модели боевых кораблей, образцы техники и вооружений. В одной из штолен развернута масштабная выставка раритетов Крымской войны 1853-56 гг. из собрания частного музея киевской семьи Шереметьевых: военная амуниция, мундиры, награды, образцы холодного и огнестрельного оружия, карты сражений, личные вещи, письма солдат и офицеров противоборствующих сторон, монеты, посуда и предметы быта. В высокий сезон бывают очереди, может понадобится предварительная запись.
Военно-морской музейный комплекс «Балаклава» считается одной из центральных достопримечательностей города. Для туристов он интересен не только экспонатами, многочисленные посетители приезжают сюда, чтобы своими глазами увидеть секретный военный объект времён холодной войны, после строительства которого Балаклава на несколько десятилетий получила статус закрытого района Севастополя. Уникальные фортификационные сооружения, построенные в сжатые сроки в сложнейших подземных условиях, являют собой выдающийся образец военно-инженерного искусства. Идея подземного комплекса для обслуживания подводных лодок, защищённого от атомного удара, появилась в конце 1940-х гг., когда США и СССР разработали первые образцы оружия нового поколения. Для строительства секретной базы выбрали Балаклаву, бухта которой надёжно укрыта узким проливом от чужих глаз и может полностью изолироваться от моря. Работы продолжались в течение восьми лет, в 1961 году подземный комплекс был завершен.
В 50-е годы, в самом начале холодной войны, СССР и США постепенно наращивали арсеналы атомных бомб, боеголовок, ракет и торпед, угрожая друг другу превентивными ударами и ударами возмездия. Именно тогда Сталин отдал Берии секретный приказ: отыскать такое место, где могли бы базироваться подводные лодки для нанесения ответного ядерного удара. Выбор пал на тихую Балаклаву: город сразу же засекретили, его название на карте Крыма больше не упоминалось. Проект балаклавского подземного завода по ремонту подводных лодок вождь рассматривал и проверял лично. Так была создана единственная в мире подземная гавань с заводом по ремонту подводных лодок — суперсекретный объект № 825.
Противоатомное фортификационное сооружение строилось поэтапно, рабочие трудились в 4 смены. Из западного утёса горы Таврос строителями было выработано более 200 тысяч кубометров скального грунта, в результате чего появились глубоководный канал, сухой док, цеха, подземные дороги, арсеналы, хранилища, командный пункт, причалы. Подземный завод, находящийся на западном берегу бухты, был так искусно замаскирован со стороны бухты, что его вход не просматривался даже с близкого расстояния. Завод представляет собой дугообразный канал, прорубленный в толще горы. Протяженность канала — около 600 метров, диаметр — до 22 метров, глубина — 8 метров.
Завод имел подземный сухой док (бассейн из железобетона, отделенный от акватории канала водонепроницаемым затвором — малым батапортом), куда могла стать на ремонт подводная лодка. Средняя продолжительность докового ремонта лодки составляла 3-4 недели. После обслуживания и ремонта субмарина выходила из подземного канала с противоположной стороны скалы. Этот выход находится в конце Таврической набережной, ближе к выходу из бухты. Когда-то он тоже был тщательно замаскирован. Вход в штольню со стороны бухты перекрывался многотонным плавучим батопортом. В военное время на объекте можно было надежно укрыть 9 малых или 7 средних подводных лодок и около 3-х тысяч человек.
